日本マイクロカウンセリング学会は、その前身である日本マイクロカウンセリング研究会から通算して20余年の歴史を有しております。
1984年には日本学生相談学会（国際委員長福原）にアイビイ夫妻を招聘、1985年、日本マイクロカウンセリング研究会設立（代表福原眞知子）。70年代後半に米国にマイクロカウンセリングの創始者Allen E. Ivey博士を訪問し教えを受けた福原は、それを日本でも定着させることをめざしました。以後今日まで、研究会･研修会を毎年2回ずつ実施してきました。
1994年、研究会は独自にAllen E. Ivey博士と夫人のMary博士を日本に招聘し、二日間のワークショップを東京で開催。会員以外の方の出席も多く、日本のカウンセリング研究家や臨床家の間で広範囲で関心を持たれるようになりました。
1997年、研究会は再度Ivey博士ご夫妻を招聘し、研修会を開催。マイクロカウンセリングの学習者の共通の認識を確認し、原点に立ちかえることをめざしました。これは事実上、研究会の再スタートとなりました。
2001年、東京・京都でIvey博士夫妻によるワークショップを開催。マイクロ技法による「意図性のあるグループアプローチ」をテーマとし、Ivey博士の更なるアイデアの展開をお教えいただきました。個人における多面的発達、多（重）文化的存在の重視、ナラティブストーリーの展開･･･と、Ivey博士は意欲的に理論を展開させ、私たちの合言葉である「あの三角形のヒエラルキー」にも少しずつ修正を加えてきました。
2004年8月、博士による修正や展開を補うべく日本健康心理学会に協力し、Ivey博士夫妻を迎え、「マイクロカウンセリング技法と人々の心身の健康」についてワークショップを開催
（テーマ："Wellness over the Life Span"）。Ivey博士の研究活動はいまやトータルとしての人間のウェルネスへの貢献（一人ひとりの尊厳を認め、これらの人々と共存する‘文化’の存在を重視すること）に拍車をかけています。
2005年 日本マイクロカウンセリング学会と改名。
2008年 日本学術会議より協力学術研究団体に承認。
2008年 アイビイ夫妻招聘
１）アイビイ夫妻を囲む会
２）日本心理臨床学会秋季大会アイビイ特別講演に名義後援